6월 1일 재산세·종부세 과세기준일 D-13: 부동산 매도·매수 잔금일 타이밍 완벽 가이드 (지방세법 제114조·종부세법 제3조·등기접수일 빠른 날 기준·1주택 12억 공제·일시적 2주택 케이스 4종 2026)

2026년 5월 19일 화요일 새벽 1시 47분, 서울 강서구 마곡동 26평 아파트에서 잠 못 이루는 43세 IT 직장인 김지훈(가명). 5월 15일에 마포구 공덕동 신축 33평 잔금 13억 7천을 5월 28일(목)로 약정했고, 강서구 현 아파트 매도 잔금은 6월 5일(금)로 잡혔다. 매도와 매수 사이 8영업일 갭. 김씨는 한 주 전 세무사 친구로부터 "잔금일 8일 차이로 그해 재산세·종부세를 합쳐 1,200만 원 이상 더 낼 수 있다"는 말을 들었다. 만약 김씨가 6월 1일 오전 0시 0분 단 한 순간에 지방세법 제114조에 따른 재산세 과세기준일 + 종합부동산세법 제3조에 따른 종부세 과세기준일에 강서구·마포구 2주택 동시 소유자로 등기부에 잡혀버리면, 그해 재산세·종부세를 두 채분 모두 김씨 본인이 1년치 전액 부담한다. 일할계산은 없다. 6월 1일 단 1초만 2주택자였어도 한 해 보유세 전액이다.

오늘은 정확히 D-13. 5월 31일이 일요일이므로 등기소 실질 마감은 5월 29일(금)까지다. 국세청·행정안전부·국토교통부·홈택스·위택스·대법원 인터넷등기소·국가법령정보센터·부동산공시가격알리미·한국부동산원 등 한국 30곳 이상 1차 출처에 근거해 D-13 매도·매수 타이밍 의사결정 매뉴얼을 정리한다. 본 글의 김지훈·금액·아파트는 모두 가상의 시나리오임을 미리 밝힌다.

양도소득세 계산기로 D-13 본인 갈아타기 시나리오 세후 비교 → 매도 잔금일·매수 잔금일을 입력하면 6월 1일 시점 주택 수 + 1세대 1주택 12억 비과세 가능 여부 + 일시적 2주택 특례 적용 가능성을 1초 안에 확인할 수 있다.

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1. D-13 카운트다운 — 6월 1일 0시 0분 한 순간이 모든 것을 가르는 이유

1-1. 지방세법 제114조 — 매년 6월 1일 단일 시점

지방세법 제114조는 다음과 같이 규정한다. "재산세의 과세기준일은 매년 6월 1일로 한다." 일할 또는 월할 계산 규정은 없다. 즉 5월 31일 23시 59분 59초에 매도자였더라도, 6월 1일 00시 00분 01초에 등기부등본상 소유자라면 그해 7월(주택분의 1/2)·9월(주택분의 1/2)·9월(토지분·건축물분)에 부과되는 지방세법 시행령 제108조상 모든 재산세를 1년치 전액 본인이 부담한다. 매수자가 6월 1일 이전에 잔금을 치렀어도 등기부에 6월 1일 이후 소유권이전이 기록되면 그해 재산세는 매도자(등기상 소유자)에게 부과된다.

1-2. 종합부동산세법 제3조 — 동일한 6월 1일, 인별 합산

종합부동산세법 제3조도 동일한 6월 1일을 과세기준일로 한다. 다만 종부세는 인별 합산 방식이다. 즉 6월 1일 0시 시점에 본인 명의로 등기된 전국의 모든 주택·종합합산토지·별도합산토지의 부동산공시가격알리미상 공시가격을 합쳐서 종합부동산세법 제8조상 기본공제(1주택자 12억, 2주택 이상 9억)를 차감한 뒤 누진세율을 적용한다. 6월 1일 단 1초만 2주택자였어도 한 해 종부세 전액이다.

1-3. 2026년 5월의 특수 캘린더 — 5/31 일요일, 등기소 5/29 마감

2026년 5월 31일은 일요일이다. 국세기본법 제5조 제1항은 신고·납부 마감일이 공휴일·토요일·일요일이면 다음 영업일까지 자동 연장된다고 규정한다. 그러나 부동산등기법 제29조에 따른 등기관 접수일에는 자동 연장이 적용되지 않는다. 즉 대법원 인터넷등기소의 토·일·공휴일 미운영 원칙이 그대로 적용되어, 5월 30일(토)·5월 31일(일)은 등기접수가 불가능하다. 2026년 5월 매도·매수의 등기상 실질 마감일은 5월 29일(금)이다.

1-4. 일할계산 없음 — 6월 1일 1초만 보유해도 1년치 전액

행정안전부 지방세 운영 안내와 국세청 종합부동산세 신고·납부 안내는 일관되게 "재산세·종부세는 과세기준일 현재 사실상 소유자에게 부과하며, 보유 기간 일할·월할 계산은 적용되지 않는다"고 명시한다. 한 시점 소유자가 1년치 전액 부담이다. 매도자가 5월 31일 잔금을 받아 매수자에게 키를 넘긴 뒤 6월 1일 00시 01분에 등기소 정전·시스템 오류로 등기가 6월 2일 접수되면, 그해 보유세는 등기부상 소유자인 매도자가 부담한다. 위택스·정부24 어디서 조회해도 동일하다. 찾기쉬운 생활법령정보는 "사실상 소유자"의 의미를 "공부상 소유자(등기부등본·토지대장·건축물대장)와 사실상 사용·수익·처분권자가 다른 경우 사실상의 권리자"로 해석한다. 그러나 사인 간 합의(매수자가 잔금만 치르고 등기 안 한 경우)는 과세관청에 효력이 없으며, 등기부에 따라 부과된 보유세를 매도자가 일단 납부한 뒤 매수자에게 민법 제741조 부당이득 반환 청구를 해야 한다.

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2. 매도일 vs 등기접수일 — 양도세는 빠른 날, 보유세는 등기부

2-1. 양도세 기준: 소득세법 시행령 제162조

소득세법 시행령 제162조 제1항은 부동산 양도일을 다음과 같이 규정한다. "양도일은 잔금 청산일과 등기접수일 중 빠른 날로 한다." 즉 매도자가 5월 29일(금)에 잔금을 받고 그날 등기를 접수했다면 양도일은 5월 29일이다. 잔금만 5월 29일에 받고 등기는 6월 5일에 접수되면 양도일은 잔금일(5/29). 거꾸로 잔금 약정일이 6월 5일인데 매수자 요청으로 5월 27일 등기 먼저 접수되면 양도일은 등기일(5/27).

2-2. 재산세·종부세 기준: 6월 1일 등기부 소유자

반면 지방세법 제114조와 지방세법 시행령 제108조는 재산세 납세의무자를 "과세기준일(6월 1일) 현재 재산을 사실상 소유하고 있는 자"로 규정한다. 사실상 소유는 원칙적으로 등기부상 소유자다. 종합부동산세법 제7조는 종부세 납세의무자를 "과세기준일 현재 주택을 소유한 자"로 규정하며, 사실상 소유자 판정 기준은 재산세와 동일하다. 국세청 종부세 안내는 "6월 1일 등기부에 명의가 있으면 종부세 합산"이라고 명확히 밝힌다.

2-3. 잔금만 치르고 등기 미이전 시 — 위험한 회색지대

매수자가 자금을 마련했지만 등기 절차(법무사 위임·소유권이전등기 신청서 작성·취득세 납부 등)가 지연되면, 잔금일은 5/29이지만 등기는 6/2 이후로 밀릴 수 있다. 이 경우 소득세법 양도세는 잔금일(5/29) 기준 매도자의 양도가 인정되지만, 지방세법 재산세·종부세는 등기부상 소유자(매도자)에게 부과된다. 매도자는 양도세는 신고 완료했는데 보유세가 추가로 부과되는 이중 부담을 진다. 매수자는 잔금 청산 후에도 보유세 책임에서 자유로워지지 않는다 — 매도자가 부담한 보유세를 민법 제741조 부당이득 반환 청구로 매수자에게 청구할 수 있기 때문이다.

2-4. 부동산등기법 제29조 — 등기관 접수일이 곧 등기일

부동산등기법 제29조는 "등기관이 신청서를 접수한 때를 등기 신청 시기"로 규정한다. 대법원 인터넷등기소 또는 관할 등기소 영업시간(평일 09:00~18:00) 내에 접수되어야 그날의 등기다. 5월 29일(금) 17시 59분에 접수했다면 5/29 등기, 18시 1분에 접수했다면 6/1(월) 등기다. 토·일·공휴일은 접수 자체가 불가능하다. 법원행정처 등기 업무 안내에 따르면, 5월 마지막 주는 등기 신청이 폭주해 시스템 부하·접수 지연이 발생할 수 있으므로 5월 28일(목)까지 접수를 마치는 것이 안전하다.

2-5. 사이버 등기 — 24시간 신청 가능하나 접수는 영업일 기준

대법원 인터넷등기소 e-Form 또는 정부24를 통한 온라인 신청은 24시간 가능하지만, 신청 시각과 등기관의 실제 접수 시각이 다르다. 토요일 20시에 e-Form으로 제출했어도 등기관 접수는 그다음 월요일 09시다. 따라서 5/30(토) 야간 신청은 6/1(월) 접수가 되어 과세기준일 이후가 된다. 사이버 접수는 평일 18시 이전에 마무리해야 그날 접수로 인정된다.

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3. 매도자 관점 — 5월 31일 이전 매도 골든타임

3-1. 1주택자: 1세대 1주택 12억 비과세 + 보유세 면제 동시 달성

소득세법 제89조는 1세대가 1주택을 2년 이상 보유(조정대상지역은 2년 거주 추가)한 뒤 양도하면 양도가액 12억 원 이하 부분은 비과세라고 규정한다. 김지훈씨가 강서구 마곡 1주택(공시 7억·시세 12억)을 5월 29일 매도 잔금을 받고 등기까지 같은 날 접수하면, ① 양도세 1세대 1주택 비과세 12억 이내 → 시세 12억 매도 시 양도세 0원, ② 보유세 6월 1일 이전 매도 → 재산세·종부세 그해 면제. 두 마리 토끼를 잡는다.

3-2. 다주택자: 5월 9일 양도세 중과 유예 종료와 6월 1일 보유세 데드라인

다주택자의 5월 31일 이전 매도 전략은 별도 글 2026년 다주택자 5월 31일 매도 전략: 재산세·종부세·양도세 절세 →에서 양도세 중과 유예 종료(5월 9일) 효과와 함께 상세히 다뤘다. 본 글에서는 6월 1일 과세기준일 자체의 효과만 다룬다. 다주택자라면 양도세 중과 + 보유세 가산을 모두 회피하기 위해 5월 9일 이전 계약이 가장 유리했고, 5월 9일을 지난 D-13 시점에서는 보유세만이라도 회피하기 위한 6월 1일 이전 매도가 차선책이다.

3-3. 양도세 경과조치(2026.5.9 계약 + 4~6개월 잔금)와 보유세는 별개

기획재정부 세제개편 안내와 소득세법 부칙은 2026년 5월 9일까지 계약을 체결한 다주택자가 4~6개월 내 잔금을 청산하면 양도세 중과를 적용받지 않고 기본세율로 신고할 수 있는 경과조치를 규정한다. 그러나 이 경과조치는 양도세에만 적용된다. 보유세(재산세·종부세)는 6월 1일 등기부 소유자 기준 그대로 부과된다. 즉 5월 9일 계약하고 8월 잔금을 약정한 다주택자도 6월 1일 시점에 등기부에 여러 주택이 잡혀 있으면 그해 종부세 폭탄을 맞는다.

3-4. 매도자 D-13 역산 체크리스트

3-5. 잔금 동시 등기의 실무 흐름

법무사가 매수자 계좌이체 확인 후 매도자에게 잔금이 입금되는 순간 등기소 직원에게 신청서를 제출하는 "잔금 동시 등기" 방식이 안전하다. 한국공인중개사협회 표준 거래 절차에 따르면 잔금 시각을 11:00 ~ 14:00 사이로 잡아야 같은 날 17:00 이전 등기 접수가 가능하다. 잔금 시간이 16:00을 넘기면 그날 등기 접수가 어려워질 수 있다. 한국감정평가사협회와 한국부동산원도 비슷한 실무 가이드를 게시한다.

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4. 매수자 관점 — 6월 2일 이후 잔금이 유리한 경우 vs 불리한 경우

4-1. 매수자 6월 1일 이후 잔금 시 — 1년치 보유세 본인 부담

매수자 입장에서 6월 2일(화) 이후 잔금을 치르면, 그해 6월 1일 시점 등기부상 소유자는 여전히 매도자이므로 그해 재산세·종부세는 매도자에게 부과된다. 매수자는 6월 1일 다음날부터 사실상 소유자이지만 그해 보유세는 면제된다. 다만 다음 해(2027년) 6월 1일에는 매수자가 소유자이므로 2027년분부터 매수자가 부담한다.

반대로 매수자가 6월 1일 이전(예: 5/29)에 잔금·등기를 마치면 6월 1일 등기부상 소유자가 매수자이므로 그해 재산세·종부세 1년치를 매수자가 전액 부담한다. 매수자가 5월 31일 단 하루만 소유했어도 1년치다. 매수자에게 6월 2일 이후 잔금은 그해 보유세 회피의 황금 타이밍이다.

4-2. 매매가에서 0.5~1% 차감하는 실무 협상 관행

매도자는 매도자대로 5/31 이전 잔금을 원하지만(보유세 회피), 매수자는 6/2 이후 잔금을 원한다(보유세 회피). 양쪽 모두 보유세를 피하고 싶지만 6월 1일은 단 하루다. 실무에서는 다음과 같은 협상이 이뤄진다.

국토교통부 표준매매계약서 제7조 또는 특약 사항란에 "본 매매 부동산의 2026년도 재산세·종합부동산세는 매도인이 부담한다" 또는 "매수인이 부담한다"를 명시할 수 있다. 한국공인중개사협회 표준 특약 예시를 참고하면 분쟁을 줄일 수 있다.

4-3. 일시적 2주택 특례 — 종전 주택 3년 내 매도

소득세법 시행령 제155조 제1항은 1주택자가 새 주택을 매수해 일시적 2주택이 되더라도 종전 주택을 3년 내 매도하면 1세대 1주택 비과세 특례를 유지할 수 있다고 규정한다. 김지훈씨가 5/28에 마포 신축을 매수해 일시적 2주택이 된 뒤 6/5에 강서구 종전 주택을 매도하면 양도세 비과세는 유지된다. 그러나 6월 1일 시점에는 2주택 상태이므로 종부세는 2주택 9억 공제로 계산되어 폭증한다(아래 §6 참조).

4-4. 신축 입주·재건축 입주자의 6월 1일 폭탄

매수자가 분양받은 신축 아파트가 6월 1일 직전 준공·입주하는 경우, 입주일이 5/30이고 잔금·소유권이전등기가 5/31에 이뤄지면 6/1에 매수자가 등기부상 소유자가 되어 그해 보유세 1년치 부담이다. 입주일을 6/2 이후로 미루면 그해 보유세 면제다. 분양 계약 단계에서 사전점검·입주지정기간이 5월 말~6월 초에 걸친다면, 잔금·등기 시점을 가능한 한 6/2 이후로 조율해야 한다. LH·SH공사 분양 입주 안내문에도 잔금·등기 시점이 6월 1일 직후가 되도록 권고하는 경우가 있다.

4-5. 매수자 D+5 역산 체크리스트

양도소득세 계산기로 매수자·매도자 보유세 안분 협상 시뮬 → 매도 잔금일·매수 잔금일을 입력하면 양도세 비과세 가능 여부 + 일시적 2주택 특례 + 매도자·매수자별 그해 보유세 귀속을 자동 판정한다.

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5. 갈아타기 케이스 — 김지훈씨 4가지 시나리오

가상 인물 김지훈씨(43세 IT 직장인, 한국 거주자, 강서구 마곡 1주택, 마포 공덕동 33평 신축으로 갈아타기)의 4가지 시나리오를 비교한다. 강서구 종전 주택 공시가격 7억(시세 12억), 마포 신축 공시가격 11억(시세 17억), 잔금 13억 7천 가정. 본 시나리오는 한국 40대 갈아타기 사례 일반 패턴을 반영한 가상 케이스이며 특정 개인을 지칭하지 않는다.

5-1. Case A: 매도 5/29 + 매수 6/5 (8영업일 무주택 갭)

• 6/1 시점 0주택 → 재산세·종부세 0원
• 양도세: 강서구 시세 12억 매도 시 소득세법 제89조 1세대 1주택 비과세 12억 이내 → 0원
• 취득세: 마포 13.7억 잔금 6/5 후 60일 내 위택스 신고 → 1주택 1~3% (조정대상지역 외 1~3%)
• 그해 보유세 0원, 양도세 0원

5-2. Case B: 매도 6/5 + 매수 5/28 (5영업일 2주택 갭)

• 6/1 시점 2주택 → 종부세 9억 공제 적용 (1주택 12억 공제 미적용)
• 합산 공시가격: 7억 + 11억 = 18억
• 종부세 과세표준: (18억 - 9억) × 공정시장가액비율 60% = 5억 4천만
• 종합부동산세법 제9조 2주택자(조정대상지역 외) 세율: 6억 이하 0.5%, 6~12억 0.7%, 12~25억 1.0%, ...
• 종부세 산출세액: 5억 4천 × 0.5% ≈ 270만 원 (재산세 공제·세부담상한 적용 전, 단순 누진 계산)
• 재산세: 강서구 약 130만 + 마포 약 250만 = 약 380만
• 양도세: 일시적 2주택 특례(소득세법 시행령 제155조) 충족 시 1세대 1주택 비과세 유지 (6/5 매도 → 신규 매수 5/28로부터 3년 내, 종전 주택 1년 이상 보유)
• 취득세: 5/28에 매수 시점 1주택자가 2주택 추가 → 일시적 2주택 1~3% (조정대상지역 외)
• 그해 보유세 합계 약 650만 원

5-3. Case C: 매도·매수 동시 5/29 (이상적이나 매수자 발견 난이도)

• 6/1 시점 1주택(마포) → 종부세 12억 공제 적용
• 마포 공시가격 11억 < 12억 공제 → 종부세 0원
• 재산세: 마포만 약 250만 원
• 양도세: 강서구 1세대 1주택 비과세 → 0원
• 취득세: 1주택 1~3%
• 그해 보유세 약 250만 원

5-4. Case D: 매도 5/29 + 신축 6/1 입주 (현실적 최선)

신축 입주 잔금일과 소유권이전등기일이 모두 6/1로 잡힌 경우. 6/1 0시 0분 시점에 마포 신축이 등기부에 매수자 명의로 잡힐 가능성이 있다(이는 등기관 접수 시간에 따라 달라지므로 실무상 정확한 분쟁 가능).

• 6/1 시점 1주택(마포) → 종부세 12억 공제 적용 → 0원
• 재산세 마포 약 250만 원
• 양도세 강서구 비과세 0원
• 그해 보유세 약 250만 원

5-5. 4가지 케이스 비교표

(취득세는 4가지 케이스 모두 동일하게 부과되므로 비교 제외 시 Case A 대비 Case B는 보유세에서만 약 650만 원 차이. 이에 양도세 일시적 2주택 미신청 시 페널티·취득세 일시적 2주택 미충족 시 가산 등 페널티를 더하면 실제로는 약 1,000~1,200만 원 차이가 발생할 수 있다.)

5-6. 일시적 2주택 종부세 1주택 간주 신청 — 9월

Case B에서 김씨가 6/1 시점 2주택이 되어 종부세 폭증을 맞이했더라도, 종합부동산세법 제8조 제4항에 따라 종전 주택을 일정 기간 내 양도하면 1주택자로 간주받아 12억 공제를 적용받을 수 있다. 신청은 홈택스 "신고/납부 → 종합부동산세 → 합산배제·1주택자 간주 신청"에서 매년 9월 16일~30일에 한다. 신청을 누락하면 1주택자 간주가 적용되지 않으므로 9월 신청을 반드시 챙겨야 한다. 국세청 종부세 안내에서 자세한 신청 절차를 확인할 수 있다.

양도소득세 계산기에서 4가지 케이스 세후 비교 → Case A·B·C·D 각각의 양도가·취득가·취득일·매도일·매수일을 입력하면 양도세·보유세·취득세를 합한 세후 순자산 변화를 한 화면에서 비교할 수 있다.

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6. 1주택 12억 vs 2주택 9억 — 3억 갭이 갈라놓는 종부세

6-1. 종부세 기본공제 — 종합부동산세법 제8조

종합부동산세법 제8조 제1항은 종부세 기본공제를 다음과 같이 규정한다.

1주택자와 2주택자의 기본공제 갭은 3억 원이며, 공정시장가액비율 60%를 적용하면 과세표준 차이는 1억 8천만 원이다. 종부세 누진세율 0.5~2.7%를 적용하면 단순 계산만으로도 90만~486만 원의 종부세 차이가 발생한다. 김지훈씨 케이스 B의 270만 원 종부세는 정확히 이 갭에서 나온다 — 만약 6/1에 1주택자였다면 마포 11억 공시가격이 12억 공제 이내라 종부세가 0원이 됐을 것이다. 자세한 종부세 세율표·계산법은 2026년 종합부동산세 완벽 가이드 →를 참고하자.

6-2. 1세대 1주택자 세액공제 — 최대 80%

종합부동산세법 제9조의2는 1세대 1주택자에 대한 세액공제를 다음과 같이 규정한다.

고령자 + 장기보유 공제는 합산할 수 있으며, 최대 80%까지 적용된다(예: 70세 이상 40% + 15년 이상 보유 50% = 80% 한도). 이는 1세대 1주택자에게만 적용되므로, 6/1 시점 2주택자가 되면 세액공제 자격을 통째로 잃는다. 60세 이상 고령자에게 일시적 2주택은 종부세 폭탄에 더해 세액공제 박탈까지 더해진다.

6-3. 부부 공동명의 — 6월 1일 명의 변경 효과

종합부동산세법 시행령 제4조의2는 부부 공동명의 1주택자가 단독명의 1주택자 과세특례를 선택할 수 있도록 규정한다. 부부 공동명의로 인별 6억씩(부부 합산 12억) 기본공제를 받거나, 단독명의 특례를 선택해 1세대 1주택 12억 공제 + 고령자·장기보유 세액공제 최대 80%를 받을 수 있다. 6/1 시점 이전에 명의 변경(증여 등)을 하면 그해부터 공동명의가 적용되지만, 6/1 이후 변경은 다음 해부터 효력. 자세한 비교는 2026년 부부 공동명의 1주택 세금 완벽 가이드 →에서 다뤘다.

6-4. 종부세 신고·납부 일정 — 12월 1~15일

종합부동산세법 제16조에 따라 종부세는 매년 12월 1일~15일에 신고·납부한다. 6월 1일 과세기준일 → 7~9월 국세청 합산배제·1주택자 간주 신청 → 11월 말 홈택스 고지서 발부 → 12월 1~15일 신고·납부 순서다. 분납은 250만 원 초과 시 6개월 분납 가능(종합부동산세법 제20조). 농어촌특별세는 종부세의 20%가 추가된다.

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7. 매수자 부담 전가 특약 — 표준매매계약서 작성법

7-1. 국토부 표준매매계약서 — 제7조 또는 특약

국토교통부 표준매매계약서와 한국공인중개사협회 표준양식은 매매대금·잔금일·계약조건과 함께 특약 사항란을 두고 있다. 특약 예시 문구는 다음과 같다.

본 매매 부동산의 2026년도 재산세 및 종합부동산세는 매도인이 부담한다. 단, 잔금 청산일이 6월 1일 이후일 경우 매수인은 매도인에게 매매대금에서 보유세 추정액을 차감하거나 별도로 정산한다.

또는 매도인 부담을 회피하고자 할 때:

본 매매 부동산의 2026년도 재산세 및 종합부동산세는 매수인이 부담한다. 6월 1일 이전 잔금 청산 시에도 동일하게 적용하며, 매수인은 매도인에게 매매대금 외 보유세 상당액을 별도 지급한다.

7-2. 사인 간 특약의 법적 효력 — 과세관청에는 효력 없음

민법 제105조에 따라 매매당사자 간 보유세 부담 특약은 사인 간 합의로 유효하지만, 지방세법·종합부동산세법 등 과세관청에는 효력이 없다. 즉 등기부상 소유자에게 일단 부과·납부되며, 특약에 따라 매도자와 매수자 사이에서 정산이 이뤄진다. 매도자가 보유세를 납부한 뒤 특약에 따라 매수자에게 청구하거나, 매수자가 매도자에게 직접 입금하는 방식이다.

7-3. 등기 지연으로 매도자가 부담 시 — 매수자에게 구상권

민법 제741조는 부당이득 반환 청구권을 규정한다. 매수자가 잔금을 5/29에 치렀으나 매수자 측 법무사 사정으로 등기 접수가 6/2로 밀려 매도자가 그해 보유세를 부과받은 경우, 매도자는 보유세를 일단 납부한 뒤 매수자에게 부당이득 반환을 청구할 수 있다. 매수자는 등기 지연이 본인 귀책 사유라면 보유세 상당액을 반환해야 한다. 그러나 분쟁 시 법원행정처 민사소송으로 갈 수 있어 시간·비용이 든다. 특약에 등기 지연 책임을 명시하면 분쟁을 줄일 수 있다.

7-4. 공인중개사 확인설명서 — 보유세 부담 기재 의무

공인중개사법 시행규칙 별표는 중개대상물 확인·설명서에 재산세·종부세 등 보유세 부담 사항을 기재하도록 규정한다. 매수자는 계약 전 확인설명서를 통해 매도자의 보유세 미납 여부·정산 방식을 확인해야 한다. 한국공인중개사협회 표준양식을 참고하면 누락을 줄일 수 있다.

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8. 특례 자산 — 합산배제·인구감소지역 4억

8-1. 주택임대사업자 등록 주택 — 합산배제

조세특례제한법 제97조의5와 민간임대주택특별법은 주택임대사업자로 등록한 주택을 종부세 합산에서 배제한다. 다만 등록 시점·임대 기간·임대료 인상률 등 조건이 까다롭다. 국세청 합산배제 신청 안내에 따라 9월 16~30일 홈택스 "종합부동산세 → 합산배제 신청"에서 매년 신청해야 효력이 유지된다. 신청 누락 시 그해 합산배제가 적용되지 않는다.

8-2. 인구감소지역 4억 이하 1채 — 합산배제 (2024년 신설)

종합부동산세법 제8조의2는 2024년 1월 1일부터 시행된 신규 특례로, 1주택자가 행정안전부 지정 인구감소지역(89개 시·군·구) 소재 공시가격 4억 원 이하 1채를 추가 보유하더라도 종부세 합산에서 배제하도록 규정한다. 단 조정대상지역은 제외. 즉 김지훈씨가 마곡 1주택 외에 강원 정선군 공시 3억 별장을 보유해도 그 별장은 종부세에 포함되지 않는다. 자세한 인구감소지역 목록은 행정안전부 고시를 참고한다.

8-3. 분양권·입주권 — 주택 수 포함 여부

소득세법 시행령 제155조는 2021년 1월 1일 이후 취득한 분양권을 양도세 계산 시 주택 수에 포함하도록 규정한다. 그러나 종부세에서는 종합부동산세법과 주택법상 "주택" 개념이 완공·등기된 주택을 의미하므로 미등기 분양권·입주권은 6/1 시점 종부세 합산에 포함되지 않는다. 다만 완공·소유권이전등기가 6/1 이전에 이뤄지면 그해부터 종부세 합산이다. 잔금·등기 시점이 5/30 이전인지 6/2 이후인지가 결정적이다.

8-4. 다세대·다가구·오피스텔 — 주거용 인정 여부

지방세법·종합부동산세법에서 주택은 주택법 제2조 제1호상 단독주택·공동주택을 의미한다. 다세대주택(공동주택)은 1세대당 1주택으로, 다가구주택(단독주택)은 1동 전체를 1주택으로 본다. 오피스텔은 건축법상 업무시설로 분류되어 종부세에서 주택으로 보지 않으나, 지방세법 재산세에서는 사실상 주거용으로 사용하면 주택으로 과세된다. 이 차이는 6/1 시점 주거용 사용 여부 신고와 직결된다. 한국부동산원·부동산공시가격알리미에서 본인 부동산의 과세 분류를 확인할 수 있다.

8-5. 재건축·재개발 — 멸실·신축 등기 시점

재건축·재개발 사업으로 종전 주택이 멸실되고 새 주택이 등기되는 과정에서 6/1이 어느 단계에 걸쳐 있느냐가 중요하다. 종전 주택이 5/29 멸실되고 6/1까지 미등기 상태라면 그해 종부세에서 제외될 수 있으나, 국세청 종부세 안내에 따르면 사업 단계별 판정이 달라진다. 관할 세무서 또는 국세상담센터 126 상담을 권장한다.

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9. 자주 묻는 질문 (FAQ)

Q1. 5월 31일에 잔금만 치르고 등기는 6월 2일에 접수되면 누가 보유세를 내나요?

지방세법 제114조·종합부동산세법 제3조는 모두 6월 1일 등기부등본상 소유자를 기준으로 한다. 잔금이 5/31이고 등기 접수가 6/2라면 6/1 시점 등기부 소유자는 매도자이므로 그해 보유세는 매도자가 부담한다. 매도자는 민법 제741조 부당이득 반환 청구로 매수자에게 보유세 상당액을 청구할 수 있으나, 이는 사인 간 분쟁 사항이며 과세관청에는 영향이 없다. 등기를 5/29까지 마치는 것이 가장 안전하다.

Q2. 부부 공동명의는 6월 1일에 어떻게 잡히나요?

종합부동산세법은 인별 합산을 원칙으로 한다. 부부 공동명의 1주택은 각자 1주택씩 보유한 것으로 보아 각자 9억 원 기본공제(부부 합산 18억)를 받거나, 종합부동산세법 시행령 제4조의2상 단독명의 1세대 1주택자 과세특례를 신청해 12억 공제 + 세액공제를 받을 수 있다. 매년 홈택스 9월 신청 기간에 선택한다. 자세한 비교는 2026년 부부 공동명의 1주택자 세금 완벽 가이드 →에서 다뤘다.

Q3. 분양권 잔금이 6월 5일인데 종부세에 포함되나요?

분양권은 완공·등기 전까지 종합부동산세법상 주택이 아니므로 6/1 종부세 합산에 포함되지 않는다. 그러나 소득세법 시행령 제155조는 2021.1.1 이후 취득한 분양권을 양도세 계산 시 주택 수에 포함하도록 한다. 분양권의 완공·등기가 6/1 이전이면 그해부터 종부세 합산이며, 6/2 이후면 그해는 제외된다. 입주지정기간이 5/말~6/초에 걸친다면 등기 시점을 신중히 조율해야 한다.

Q4. 잔금일과 등기접수일이 같은 날이지만 등기소 마감(18시) 후라면?

부동산등기법 제29조에 따라 등기관 접수일이 등기일이다. 5월 29일 18시 1분에 대법원 인터넷등기소 또는 관할 등기소에 신청서가 접수되면 다음 영업일인 6월 1일(월) 접수로 잡힌다. 5월 30일(토)·5월 31일(일) 미운영이기 때문이다. 즉 매수자가 6/1 등기부 소유자가 되어 그해 보유세 1년치를 부담한다. 등기 접수는 17:00 이전을 권장한다. 법원행정처의 등기 업무 안내에 마감 시간이 명시되어 있다.

Q5. 임대사업자로 등록한 주택은 6/1 보유해도 종부세에 안 잡히나요?

조세특례제한법 제97조의5와 민간임대주택특별법에 따라 등록한 주택은 종부세 합산배제 대상이다. 그러나 매년 9월 16~30일 홈택스 "종합부동산세 → 합산배제 신청"을 별도로 해야 적용된다. 신청 누락 시 그해 합산배제가 무효다. 또한 임대료 인상률 5% 한도·의무임대기간·등록말소 등 조건을 위반하면 추징될 수 있다. 국세청 합산배제 안내를 참고하자.

Q6. 매수자에게 보유세를 부담시키는 특약이 법적으로 유효한가요?

민법 제105조 사적 자치 원칙에 따라 매매당사자 간 보유세 부담 특약은 사인 간 유효하다. 그러나 지방세법·종합부동산세법 등 과세관청에는 효력이 없다. 즉 6/1 등기부상 소유자에게 일단 부과되며, 특약에 따라 매도자와 매수자가 사후 정산한다. 특약 위반 시 민법 제741조 부당이득 반환 청구로 분쟁 해결한다. 국토교통부 표준매매계약서·한국공인중개사협회 표준양식의 특약 사항란을 활용한다.

Q7. 재건축 입주권 잔금이 6/1 이후인데 어떻게 되나요?

입주권은 분양권과 유사하게 완공·등기 시점부터 종합부동산세법상 주택으로 본다. 잔금·등기가 6/2 이후라면 그해 6/1 시점 입주권은 종부세 합산에서 제외된다. 다만 소득세법 시행령 제155조는 입주권을 양도세 계산 시 주택 수에 포함하므로, 일시적 2주택 특례 적용 시 종전 주택의 양도 시점 판단에 영향을 줄 수 있다. 사업 단계별 세부 판정은 국세상담센터 126 상담을 권장한다.

양도소득세 계산기로 D-13 본인 갈아타기 최종 시뮬레이션 → 매도일·매수일·종전 주택 보유기간·1세대 1주택 여부·일시적 2주택 특례 적용 가능성을 입력하면 양도세·재산세·종부세·취득세를 합한 세후 순자산 변화를 한 화면에서 확인할 수 있다. D-13 안에 매도자·매수자 양측이 협상 테이블에서 합의할 수 있는 잔금일을 함께 시뮬해 보자.

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면책 및 출처

본 글은 2026년 5월 19일 기준 국세청(NTS)·홈택스·모바일 손택스·국세법령정보시스템·국세상담센터 126·기획재정부(MOEF)·행정안전부(MOIS)·국토교통부(MOLIT)·국토부 실거래가 공개시스템·국가법령정보센터·법제처·정부24·찾기쉬운 생활법령정보·위택스(WETAX)·부동산공시가격알리미·대법원 인터넷등기소·법원행정처·한국부동산원(REB)·한국토지주택공사(LH)·서울주택도시공사(SH)·한국주택금융공사(HF)·한국세무사회(KACPTA)·한국공인중개사협회(KAR)·한국감정평가사협회·금융위원회(FSC)·금융감독원(FSS)·금감원 파인·국민건강보험공단(NHIS)·한국은행(BOK)·KDI 한국개발연구원·KOSIS 국가통계포털·OECD Tax Database·PwC Tax Summaries Korea 등 한국 30곳 이상 1차 출처를 근거로 작성한 정보 제공용 교육 콘텐츠입니다.

본문의 [지방세법 제114조 재산세 과세기준일·종합부동산세법 제3조 종부세 과세기준일·소득세법 시행령 제162조 양도일·소득세법 시행령 제155조 일시적 2주택·종부세법 제8조 1주택 12억 공제·제8조의2 인구감소지역 4억 합산배제·제9조의2 세액공제·조세특례제한법 제97조의5 임대사업자 합산배제·민법 제741조 부당이득·부동산등기법 제29조 등기관 접수일·공정시장가액비율 60%·1주택자 12억 공제·2주택 9억 공제] 수치와 조문은 2026년 5월 19일 기준 국세청·국가법령정보센터·행정안전부 검증 시점 자료이며, 이후 기획재정부 세제개편안·행정안전부 지방세 시행령 입법·시행에 따라 변경될 수 있습니다. 김지훈·강서구 마곡·마포 공덕동 신축·공시가격·잔금·시세 등 거래 내역은 한국 40대 갈아타기 사례의 일반 패턴을 반영한 가상 시나리오로 특정 개인·부동산을 지칭하지 않습니다.

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